Inhalt

• Software-Übersicht
• Unterstützte Dateitypen
• Primäre Dateierweiterung
• Andere Dateierweiterungen, die von Integrated Genome Browser 9 verwendet werden

Ausführung (Stand vom 29.06.2016)	9
Plattformen
Lizenz	Open Source
Kategorie	Wissenschaftlich

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Bewertung: 2.8 / 5 (6 Stimmen)

Software-Übersicht

Haupteigenschaften

• Unterstützt verschiedene Genomformate wie GenBank und FASTA
• Interagieren Sie mit Daten mit Zoom- und Schwenkanimationen
• Zugriff auf und Laden von Genomen von QuickLoad-Sites
• Daten in verschiedene Diagrammformen umwandeln
• Teilen Sie Daten mit Kollegen über Dropbox
• Installieren Sie Plugins für zusätzliche Funktionen

Integrated Genome Browser (IGB) ist ein Open Source-Programm zum Anzeigen und Durchsuchen großer genomischer Datensätze. Sie können verschiedene Datenformate anzeigen, mit Ihren Daten interagieren, Diagramme erstellen, Ihre Informationen als Bilder speichern und Ihre Daten für andere Mitarbeiter freigeben.

Mit dem IGB können Sie Daten aus Anmerkungen und ausgerichteten Sequenzen anzeigen. Das Programm unterstützt eine Reihe von Formaten wie FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband und GenBank. Sie können Daten übernehmen und in eine Vielzahl von Diagrammformen umwandeln, einschließlich nicht übereinstimmender Diagramme zum Hervorheben von Datenunterschieden und Tiefengrafiken zum Anzeigen der Abdeckung. Sie können auch über IGBs Zoom- und Schwenkanimationen mit Ihren Daten interagieren.

Mit IGB können Sie von QuickLoad-Sites aus auf Genome zugreifen und diese laden. Hierbei handelt es sich um einfache Systeme von Verzeichnissen, Sequenzen und anderen Dateien für Visualisierungszwecke. IGB bietet erweiterte Funktionen mit Plugin-Unterstützung, um durch die Verwendung von Skripts Funktionen und Workflow-Automatisierung hinzuzufügen. IGB bietet Ihnen außerdem erweiterte Funktionen zum Freigeben Ihrer Daten, sei es als hochwertiges JPEG-, PNG- oder SVG-Bild oder zum Speichern von Daten in Dropbox, um Ihren Mitarbeitern Zugriff auf Ihr Projekt zu gewähren.

IGB wird hauptsächlich von Universitätsforschern, Biologen und Bioinformatikern verwendet. Es bietet erweiterte Tools zum Öffnen einer Vielzahl von Genom-Datenformaten, zum Visualisieren von Daten als verschiedene Diagramme und zur gemeinsamen Nutzung von Daten mit Mitarbeitern. Leider stützt sich das Programm auf Zuschüsse für die weitere Entwicklung, so dass die Unterstützung für den Antrag jederzeit eingestellt werden kann. Integrated Genome Browser ist jedoch immer noch ein fähiges, anpassbares Programm für Benutzer, die ihre Genomdaten untersuchen und analysieren möchten.

Unterstützte Dateitypen

Primäre Dateierweiterung

.XML - XML-Datei

Andere Dateierweiterungen, die von Integrated Genome Browser 9 verwendet werden

Unterstützte Dateitypen
.BETT	UCSC BED-Anmerkungs-Track-Datei
.DAS	DeltaMaster-Analysesitzung
.FA	FASTA-formatierte Sequenzdatei
.FAS	FASTA-Sequenzdatei
.FASTA	FASTA-Sequenzdatei
.GB	GenBank-Datendatei
.SGR	SGR-Genom-Datendatei
.USEQ	USeq-Genom-Datendatei